En este documento se analizan las prácticas discriminatorias que la población indígena y afromexicana enfrentan en los servicios de salud en México y se proponen lineamientos de política pública para prevenir la vulneración de su derecho a la salud. En la prestación de servicios de atención médica (curativa, preventiva y de promoción de la salud) se han observado tratos discriminatorios, desiguales e injustos por parte de diferentes instituciones y actores del Sistema Nacional de Salud, ya sea por acción u omisión. Esta discriminación se origina en prejuicios, estigmas y estereotipos, y revela un desconocimiento de los derechos humanos. Asimismo, se revisan los modelos de atención intercultural en México, específicamente los propuestos en los documentos Modelo de atención a la salud de los pueblos indígenas y afrodescendientes y Modelo de atención a las mujeres durante el embarazo, parto y puerperio con enfoque humanizado, intercultural y seguro. Las guías y criterios por incorporar se formulan con base en los enfoques de derechos humanos, interculturalidad, igualdad de género y el principio de no discriminación.