En este documento se analizan los sistemas nacionales de innovación de los países centroamericanos, con lo que se identifican de manera integral y sistemática sus principales fortalezas y debilidades en materia de ciencia, tecnología e innovación (CTI). Las fuentes de información provienen de entrevistas con actores clave, así como de la revisión de documentos publicados en años recientes. Los países centroamericanos cuentan con elementos centrales de un sistema de innovación: instituciones, autoridades gubernamentales enfocadas en CTI, universidades, centros de investigación y empresas, así como con interacciones entre estos elementos. En años recientes se observa un esfuerzo creciente por el fortalecimiento institucional y el compromiso de estos diversos actores. No obstante, subsisten debilidades significativas como la falta de recursos humanos y financieros, un sector industrial dominado por empresas con baja actividad innovadora, el carácter predominantemente comercial de la interacción entre los componentes del sistema, la escasa orientación comercial de la investigación y la falta de coordinación entre las políticas realizadas por diversos organismos públicos. Al interior de la región existen disparidades importantes que son evidentes en la solidez del marco institucional, el diseño y ejecución de políticas públicas, los recursos comprometidos con la CTI y la calidad de la enseñanza e investigación. En materia de política pública, es necesario incrementar los recursos y escalar la importancia de la CTI dentro las prioridades de política nacional, así como continuar con el avance hacia un modelo no lineal que reconozca la importancia de fortalecer las capacidades de los actores de manera sistémica.