El Brasil atraviesa una importante transición en la composición demográfica de sus afiliaciones religiosas, que se observa en el conjunto de la población, pero especialmente entre la población indígena. El objetivo de este artículo es analizar los cambios religiosos que tuvieron lugar en la población indígena del Brasil entre 1991 y 2010, a partir de una contextualización histórica y con base en los microdatos de los censos demográficos. Los resultados muestran que la proporción de indígenas católicos —que constituyen la mayoría— presenta una tendencia decreciente a lo largo de los años, mientras que la de evangélicos —que presentan una gran heterogeneidad de afiliaciones— registra un crecimiento constante. También aumentaron las otras denominaciones y el número de quienes se declaran sin religión. Evidentemente, el ritmo y las motivaciones de esa transición religiosa son diferentes en los diversos segmentos de la población. Este análisis de las dos últimas décadas contribuye a la comprensión de la dinámica religiosa y de las modificaciones cuantitativas en el porcentaje de católicos y evangélicos, los dos mayores grupos religiosos, en el contexto de la pluralidad y la diversidad cultural de los pueblos nativos del Brasil.