La construcción de indicadores epidemiológicos diferenciados para pueblos indígenas es una necesidad básica para garantizar la implementación de su derecho a la salud y la vida. En la mayoría de los países latinoamericanos, la ausencia de la variable étnica en las estadísticas vitales y en los registros de salud es el principal obstáculo para avanzar en ese sentido. En Chile, el Ministerio de Salud inició en 2005 un proyecto de epidemiología sociocultural para estimar las brechas de equidad entre poblaciones indígenas y no indígenas en algunas de las regiones del país en que estas se concentran. Con este fin, se creó una estrategia metodológica innovadora para incluir una variable de distinción étnica en los registros de morbimortalidad disponibles, que permite visibilizar las condiciones de salud de los pueblos originarios mediante diagnósticos diferenciados según la etnia. Estas investigaciones han mostrado brechas sistemáticas expresadas en tasas más elevadas de morbimortalidad en todos los pueblos indígenas, sobre todo en aquellos indicadores que trazan situaciones de injusticia social como la mortalidad infantil y su incidencia, y la mortalidad por tuberculosis. A pesar de que es posible realizar estos diagnósticos, por lo complejo de su elaboración, es necesario incluir el enfoque étnico en todas las fuentes de datos y registros de salud, garantizando el derecho de los pueblos indígenas a autoidentificarse y recabando información sistemática para monitorear las políticas públicas.