En este estudio se evalúa la productividad total de los factores comparada de las empresas de la economía social con respecto a las empresas con fines de lucro tradicionales sobre la base de datos del Servicio de Impuestos Internos de Chile para el total de la economía nacional en el período 2005-2020. Mediante estimaciones de funciones de producción Cobb-Douglas y translogarítmicas, y teniendo en cuenta la existencia de diferentes tecnologías de producción para los distintos tipos de empresas, las conclusiones señalan que las empresas cooperativas tienen menores niveles de productividad, las empresas sin fines de lucro tienen un nivel de productividad similar al de ellas, y las empresas B tienen un nivel de productividad mayor en comparación con las empresas tradicionales. Los resultados son consistentes al controlar por territorio y sector de actividad económica, y señalan la importancia de considerar funciones de producción con tecnologías variables para realizar la comparación, así como la consideración de efectos fijos para la evaluación de la productividad de las certificaciones como es el caso de las empresas B.