Siendo el Ecuador un Estado intercultural y plurinacional, este estudio busca reconocer la situación histórica de la fecundidad de las poblaciones mestiza e indígena y sus diferencias por zonas geográficas, con especial referencia a los pueblos indígenas. Se utilizan los métodos de historias de nacimientos, reconstruidas a partir del censo de 2010, y P/F de Brass para estimar los niveles y tendencias históricas de la fecundidad en el período 1996-2010. La población mestiza habría iniciado la transición de la fecundidad con alguna precedencia respecto de los pueblos indígenas, que se encontrarían en proceso transicional. Se utilizó un modelo específico de transición y se encontraron importantes diferencias entre los pueblos indígenas de la sierra, que habrían comenzado más tempranamente que los pueblos indígenas de la Amazonía, lo que se refleja en mayores tasas de fecundidad de estos últimos en el período más reciente. Esto motiva una reflexión sobre la multicausalidad cultural asociada a los cambios de la fecundidad de los pueblos indígenas.